Село Костек основано, предположительно, в 60-е—70-е годы XVII века.
Костек назван городом в хронике Мухаммеда Рафи «Тарихи Дагестан», которая, по мнению А.Р. Шихсаидова, была составлена в XVI в. Это находит подтверждение в исследованиях местных краеведов, обнаруживших на старом местоположении Костека в урочище «Торкъали татавул» надгробный памятник, датируемый 1504 г. (910 г. по хиджре).